生物安全柜使用HEPA過(guò)濾，層流氣流，以操作者，環(huán)境和樣品的保護(hù)。出于無(wú)菌的目的，對(duì)于0.3微米大小的顆粒，HEPA過(guò)濾器的效率通常為99.99+％。

　　典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來(lái)消毒和/或減少交叉污染;但是，由于以下幾個(gè)原因，不建議在生物安全柜內(nèi)使用這種明火：

　　生物安全柜通過(guò)在機(jī)柜的工作區(qū)域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進(jìn)的空氣，沒(méi)有湍流）來(lái)維持樣品保護(hù)。熱空氣上升，因此任何明火都會(huì)使空氣上升到層流下降，產(chǎn)生湍流并阻礙生物安全柜保護(hù)工作區(qū)域樣品的能力。

　　如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過(guò)濾介質(zhì)保持在其框架上。這破壞了HEPA過(guò)濾器的有效性，導(dǎo)致正壓通風(fēng)系統(tǒng)中的安全殼損失。

　　如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開(kāi)，則可燃?xì)怏w將不受限制地引入機(jī)柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環(huán)，可燃?xì)怏w的濃度可能達(dá)到性潛力，不僅對(duì)生物安全柜，而且對(duì)用戶(hù)和實(shí)驗(yàn)室構(gòu)成嚴(yán)重風(fēng)險(xiǎn)它占據(jù)了。

　　在生物安全柜的近乎無(wú)微生物的環(huán)境中不需要明火。在開(kāi)放式工作臺(tái)上，燃燒培養(yǎng)容器的頸部將產(chǎn)生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，BSC中的明火產(chǎn)生湍流，破壞了供應(yīng)到工作表面的HEPA過(guò)濾空氣的模式。當(dāng)認(rèn)為必要時(shí)，可以使用配備有指示燈以按需火焰的觸摸板微型燃燒器。工作完成后必須關(guān)閉燃燒器。小型電動(dòng)“爐”可用于凈化細(xì)菌環(huán)和針，并且優(yōu)于生物安全柜內(nèi)的明火。應(yīng)盡可能使用一次性或可回收的無(wú)菌環(huán)。

　　如上面所述，如果認(rèn)為需要火焰，那么廣泛使用的設(shè)備類(lèi)型是本生燈的更安全的品。其中一些采用低調(diào)的踏板減弱火焰;其他人檢測(cè)運(yùn)動(dòng)。