二級生物安全柜同一級生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級生物安全柜，通常稱為進(jìn)流。進(jìn)流能夠防止微生物操作時產(chǎn)生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實(shí)驗(yàn)室內(nèi)。然而，它們不同于一級生物安全柜之處為，只讓經(jīng)HEPA過濾的（無菌的）空氣流過工作臺面。內(nèi)置風(fēng)機(jī)將空氣經(jīng)前面的開口引入安全柜內(nèi)并進(jìn)入前面的進(jìn)風(fēng)格柵。因此沒有經(jīng)過過濾器過濾的空氣不會直接進(jìn)入工作區(qū)，從而保護(hù)安全柜內(nèi)部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。